Le Centre de Gestion est un établissement public local à caractère administratif dirigé par un conseil d’administration de 25 membres. Ses membres sont élus par les collectivités territoriales et les établissements publics affiliés ou désignés par les collectivités non affiliées adhérentes aux compétences socle. Ces élections et désignations ont lieu à la suite des élections municipales. Une fois installé, le conseil d’administration élit le bureau et le président.

Les communes et établissements publics qui emploient moins de 350 fonctionnaires titulaires et stagiaires sont obligatoirement affiliés au Centre de Gestion. Les collectivités et établissements publics dont l’effectif est supérieur à 350 fonctionnaires, les départements et les régions peuvent s’affilier volontairement à l’instar de l’Agglomération d’Agen, ou bénéficier des compétences socle mises en place par la Loi du 12 mars 2012, comme cela est le cas du Département de Lot et Garonne et de la commune de Villeneuve-sur-Lot.